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병.의원 경정청구를 통해 세금을 절약하는 방법


병원의원들은 매년 많은 세금을 납부해야 하는 사업자들입니다.

의료비가 높아지고, 의료기기나 약품 등의 비용이 증가하면서 병원의원들의 수익은 줄어들고 있습니다. 그런데 세금을 납부하는 과정에서 세액공제나 감면 등의 혜택을 제대로 활용하지 못하고 과다납부하는 경우가 많습니다.


과다납부한 세금을 돌려받는 방법이 바로 경정청구입니다.

경정청구란 이미 납부한 세금에 대해 납세자 착오로 인해 과다납부되었다면, 국세청에 청구서를 제출하여 세금을 환급받는 제도입니다. 경정청구는 직전년도 5년간 납부한 세금에 대해 할 수 있습니다.


경정청구를 통해 환급받을 수 있는 세금은 다음과 같습니다.

  • 소득공제 : 소득세법에 따라 소득금액에서 공제되는 금액으로, 개인연금저축, 신용카드 사용액, 의료비 지출액 등이 있습니다.

  • 세액감면 : 조세특례제한법에 따라 세액에서 감면되는 금액으로, 장애인기업지원자금 대출이자, 재해중소기업 대출이자, 청년고용특별자금 대출이자 등이 있습니다.

  • 세액공제 : 소득세법이나 조세특례제한법에 따라 납부할 세액에서 공제되는 금액으로, 고용증대세액공제, 사회보험료 세액공제,



병원을 양도하거나 양수할 때는 어떤 경우에 경정청구를 할 수 있을까요? 다음과 같은 사례를 살펴보겠습니다.

  • 병원을 양도할 때 : 병원을 양도할 때는 양도소득세를 납부해야 합니다. 양도소득세는 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 금액에 세율을 적용하여 계산합니다. 그런데 양도가액에 영업권(권리금)이 포함되어 있다면, 양도하는 원장님은 영업권에 대한 소득세를 원천징수하여 국세청에 납부하고, 나머지 금액만 양수하는 원장님에게 지급해야 합니다. 만약 이를 놓치고 전액을 지급하게 되면, 소득세의 과다납부가 발생하므로 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.

  • 병원을 양수할 때 : 병원을 양수할 때는 취득세와 재산세를 납부해야 합니다. 취득세는 취득가액의 4%로 계산되며, 재산세는 취득가액의 0.25%로 계산되며, 매년 납부해야 합니다. 그런데 취득가액이 과대평가되었다면, 취득세와 재산세의 과다납부가 발생하므로 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다. 취득가액의 과대평가 여부는 감정평가사나 세무사 등의 전문가의 도움을 받아 확인할 수 있습니다.

  • 병원의 직원이 변동될 때 : 병원의 직원이 변동될 때는 고용증대세액공제와 사회보험료 세액공제를 받을 수 있습니다. 고용증대세액공제란 전년도 대비 직원 수가 증가한 경우, 증가된 인건비에 일정 비율을 곱한 금액을 소득세에서 공제하는 제도입니다. 사회보험료 세액공제란 직원들에게 지급한 국민연금, 건강보험, 고용보험, 산재보험료의 일부를 소득세에서 공제하는 제도입니다. 그런데 이러한 세액공제를 적용하지 못했다면, 세금의 과다납부가 발생하므로 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.

  • 병원의 장비나 시설을 개선할 때 : 병원의 장비나 시설을 개선할 때는 연구개발비 세액공제와 투자세액감면을 받을 수 있습니다. 연구개발비 세액공제란 의료기술 개발이나 진료서비스 향상을 위해 지출한 연구개발비의 일부를 소득세에서 공제하는 제도입니다. 투자세액감면은 의료기기나 시설 등을 새로 구입하거나 개량한 경우, 투자금액의 일부를 소득세에서 감면하는 제도입니다. 그런데 이러한 세액공제나 감면을 적용하지 못했다면, 세금의 과다납부가 발생하므로 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.

  • 병원의 환자수가 감소할 때 : 병원의 환자수가 감소할 때는 매출액이 줄어들고, 비용이 증가하게 됩니다. 이 경우에는 손실보전공제를 받을 수 있습니다. 손실보전공제란 매출액이 감소한 경우, 감소된 매출액에 일정 비율을 곱한 금액을 소득세에서 공제하는 제도입니다. 그런데 이러한 세액공제를 적용하지 못했다면, 세금의 과다납부가 발생하므로 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다.


병원의원들이 경정청구를 통해 실제로 환급받은 사례는 다음과 같습니다.

  • 성실신고대상자였던 보건업 대표님은 고용증대 세액공제와 사회보험료 세액공제 등을 적용해 약 4.7천만원의 환급이 이루어졌습니다.

  • 경기도의 한 병원에서도 세법상 개인사업자에 성실신고확인제도 대상자였는데, 이전기업 세액감면과 고용증대/사회보험료 세액공제 등을 적용하여 약 3.1천만원의 환급을 받게 되셨습니다.

  • 용인에 위치한 치과로, 병원 경정청구를 진행했던 사례입니다. 17년도에 청년 채용이 증가함을 근거로 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 규정을 활용하여 약 1.2천만원의 환급을 받으셨습니다. 또한 2018년도에만 배우자, 부양가족에 대한 인적공제가 누락되어 있음을 발견하여 부양가족인적공제(소득공제)를 통하여 추가적인 세금을 환급해 드렸습니다.

  • 서울의 한 의원은 2017년부터 2020년까지 고용증대세액공제와 사회보험료 세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 1.8천만원의 환급을 받았습니다.

  • 부산의 한 요양병원은 2019년에 장애인기업지원자금 대출이자 세액감면과 고용증대세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 1.5천만원의 환급을 받았습니다.

  • 대전의 한 병원은 2018년에 재해중소기업 대출이자 세액감면과 고용증대세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 1.3천만원의 환급을 받았습니다.

  • 광주의 한 의원은 2017년부터 2020년까지 청년고용특별자금 대출이자 세액감면과 고용증대세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 1.1천만원의 환급을 받았습니다.

  • 인천의 한 치과는 2019년에 신용카드 사용액 소득공제와 고용증대세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 900만원의 환급을 받았습니다.

  • 울산의 한 요양병원은 2018년에 의료비 지출액 소득공제와 고용증대세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 800만원의 환급을 받았습니다.

  • 대구의 한 병원은 2017년에 개인연금저축 소득공제와 고용증대세액공제를 적용하지 못했음을 확인하고, 경정청구를 통해 약 700만원의 환급을 받았습니다.


병원의원들은 경정청구를 통해 과다납부한 세금을 돌려받고, 자신의 사업에 더 투자할 수 있는 기회를 얻을 수 있습니다. 하지만 경정청구는 단순히 서류를 제출하는 것이 아니라, 국세청과의 소명과정이 필요하며, 각종 법령과 규정을 정확하게 파악하고 적용해야 합니다. 그렇기 때문에 경정청구 전문가의 도움을 받는 것이 좋습니다.



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